当前的中医也有不足，因而有需要改革之处。过去半个多世纪中进行的“中西医结合”就是想做这种改革，也做了许多好事，但是后来走偏了。究其原因，其实主要还是中医学界自身的确存在一些亟待改革之处。
李约瑟也知道在中医界流行的看法是把阴阳五行混同于组成世界（包括人体）的基本组分实体，就像希腊时代亚里斯多德的四元素理论一样。他在“中国科学技术史”中还说，“回顾前面所讨论的一切，五行或阴阳体系看起来并不是完全不科学的，任何人想要嘲笑这种体系，都应当回想一下当年创立英国皇家学会的前辈们曾经耗费了他们大量的宝贵时间来与亚里斯多德的四元素理论、逍遥学派的顽固的智者们所进行的斗争。中国的五行理论的惟一毛病是它流传得太久了。在公元一世纪的时候，中国的五行学说是十分先进的东西；到了十一世纪的时候，还勉强可说是先进的东西；到了十八世纪就变得荒唐了。这个问题可以再一次回到这样一个事实，欧洲经过一场文艺复兴、一场宗教革命，同时伴随了巨大的经济变化，而中国却没有。”这些话有道理。
中国传统科学文化和中医学是在两千多年前奠基和成形的，如果把它们与同时的希腊科学文化相比，不难看出中国传统科学文化经受住了更长时间的考验，中医至今还在应用。也许正是这种成功造成中国传统科学文化和中医学缺乏改革的动力。希腊科学文化在伽利略时代经历了一次大改造，诞生了通过严格设计的实验来发现真理和检验真理的科学精神和科学方法，才产生了今天的现代科学（包括医学）。中国传统科学文化和中医学也需要不断更新才能发展。当前中国传统科学文化和中医学亟需学习现代科学方法，进行一次大改造，才能复兴。
下面通过两个具体例子来谈中医的不足之处和发展方向。
《参考消息》2005年5月17日第七版报道，英国科学家研究证明针灸确实有效。报道说它首次毫无疑问地证明了针灸可以触发实际控制疼痛的脑部运动。然而从上世纪七十年代至今，我国开展了大规模的针灸机理研究，取得了很多成果，也有许多学术著作，但国际学术界都不承认。为什么这次英国科学家的实验结果一出来就得到了广泛的承认？我想这则报道应该对我们中国人有所触动。
他们是怎样做的呢？实验是由英国两个大学的研究人员共同完成的，他们要测针灸对骨关节炎的病人是否有实际效果。病人分成三组，第一组病人用粗针，并被告知针头不会扎到皮肤里面去；第二组也使用不扎入皮肤的粗针头，但让病人完全相信已经扎进去了；第三组是正常的针灸。然后用磁共振看脑部的反应，发现第三组病人脑部有明显变化。这个结果是可以被科学界接受的，因为它排除了心理和其他干扰因素。
这个例子其实具有普遍性。值得我们好好思考的是，为什么我国的学者就想不到要做这样严格而复杂的实验呢？这样做实验是在欧洲文艺复兴时代那场科学革命中产生的寻找真理的严格方法，是现代实验科学的基本方法。过去两千多年中，中医走得太顺了，没有经历过类似的革命。但愿目前中医的艰难处境能够引发中医进行这场革命。
另一个例子。在两汉时期的《黄帝内经》中提出了“五脏主五志”，“五志主五脏”的学说。根据中国古代的阴阳五行学说，中医把“五志”即喜、怒、思、悲、恐五种情绪的变化与五脏功能联系起来，指出“人有五脏化五气，以生喜、怒、思、悲、恐”。情志活动本是人体对外界环境的一种心理反应，正常情况下，偶有情绪波动不会致病。如果超越了一定限度而不能节制，就会出现精神情志活动的异常，使五脏功能失调而致病，如“怒伤肝，思伤脾，喜伤心，悲伤肺，恐伤肾”等。由此可见，《黄帝内经》强调的发病机制为情志内郁。
据美国《科学》杂志网站２２日报道，美国杜克大学的科学家的一项新研究发现，怒气的确对健康不利，因为它会使体内一种导致炎症的蛋白质含量升高，增加患心血管疾病的风险。这种蛋白质称为C反应蛋白质（CRP），此前研究已表明它会导致炎症，进而引起心血管疾病。炎症反应会使动脉内层硬化，使它们更易堵塞，而人体内C反应蛋白质含量是比胆固醇含量更好的心血管疾病风险指标。这些科学家在新一期《心理医学》杂志上报告说，他们对127名年龄在18岁～65岁之间的成年人进行观察，发现与平静乐观的人相比，心里充满怒气、抑郁或怨恨的人，体内Ｃ反应蛋白质含量要高出1～2倍。这进一步显示，情绪压力会影响神经系统和免疫系统。这是人们首次发现怒气等不良情绪与C反应蛋白质含量的关系，不过其中具体机制尚需进一步研究。
这个消息表明，中医关于“五态”与“五脏”之间的联系的学说，已经可以用现代科学方法来研究。然而目前的研究刚起步，离确认“怒伤肝”还有距离。
总之，目前在复杂性科学观兴起的时候，我们可以找到解开中医学的科学性之谜的钥匙；我们也能看到，中医学的发展方向是要抓住复杂性科学观发展的机遇，融入现代科学的潮流中 。
