《意见》对金融机构的不同类型股东实施差异化监管，主要规范金融机构的主要股东或控股股东，通过正面清单和负面清单的方式，强化股东资质要求。从正面清单看，金融机构的主要股东和控股股东应当核心主业突出、资本实力雄厚、公司治理规范、股权结构清晰、管理能力达标、财务状况良好、资产负债和杠杆水平适度，制定合理明晰的投资金融业的商业计划，并且控股股东原则上还要满足连续3年盈利、净资产不低于总资产40%等要求。从负面清单看，非金融企业脱离主业需要盲目向金融业扩张、风险管控薄弱、进行高杠杆投资、关联交易频繁且异常的，不得成为金融机构的控股股东。对所投资金融机构经营失败或重大违规行为负有重大责任的非金融企业，在一定期限内不得再成为金融机构的控股股东。还加强了对金融机构股权质押、转让和拍卖的管理，避免非金融企业违规恶意质押、转让所持有金融机构股权。
资金来源方面，要求非金融企业投资金融机构应当以自有资金出资，资金来源真实合法，不得以委托资金、“名股实债”等非自有资金投资金融机构，不得虚假注资、循环注资和抽逃资本。穿透识别实际控制人和最终受益人，禁止以代持、违规关联等方式持有金融机构股权。
针对一些非金融企业投资金融机构中存在的股权结构复杂、交叉持股等情况，《意见》也做出了规定。比如，非金融企业的股权结构应简明清晰，简化投资层级，提高组织架构的透明度。金融机构的控股股东为企业集团或处于企业集团、控股公司结构之中的，须全面完整地报告或披露集团的股权结构、实际控制人、受益所有人及其变动情况，包括匿名、代持等相关情况，防止隐匿所有权架构，规避监管。
